สำนักงานคณะกรรมการสุขภาพแห่งชาติ (สช.) เดิมชื่อ สำนักงานปฏิรูประบบสุขภาพแห่งชาติ (สปรส.) มีหน้าที่ในการขับเคลื่อนงานปฏิรูประบบสุขภาพแห่งชาติ โดยใช้การจัดทำ พ.ร.บ.สุขภาพแห่งชาติ เป็น "เป้าหมายเชิงรูปธรรม" และดึงเอาภาคส่วนต่าง ๆ เข้ามาร่วมทำงาน ร่วมเรียนรู้และปรับเปลี่ยนกระบวนทัศน์ใหม่เรื่องสุขภาพมาตั้งแต่ ปี พ.ศ. 2543 ต่อมาสำนักงานปฏิรูประบบสุขภาพแห่งชาติ (สปรส.) ได้จัดทำ พ.ร.บ.สุขภาพแห่งชาติประสบผลสำเร็จ มีผลบังคับใช้ซึ่งประกาศในราชกิจจานุเบกษาเมื่อวันที่ 19 มีนาคม 2550 ส่งผลให้ สปรส. เปลี่ยนผ่านมาเป็น สช. นับตั้งแต่นั้น ตามที่ได้บัญญัติไว้ในบทเฉพาะกาลของ พ.ร.บ.สุขภาพแห่งชาติ พ.ศ. 2550 ว่า "ให้โอนบรรดากิจการ ทรัพย์สิน หนี้สิน และเงินงบประมาณของสถาบันวิจัยระบบสาธารณสุขในส่วนของสำนักงานปฏิรูประบบสุขภาพแห่งชาติไปเป็นของสำนักงานตามพระราชบัญญัตินี้" สำนักงานคณะกรรมการสุขภาพแห่งชาติมีสถานะเป็นหน่วยงานของรัฐ และมีฐานะเป็นนิติบุคคลในกำกับนายกรัฐมนตรี ทำหน้าที่เป็นองค์กรเลขานุการของคณะกรรมการสุขภาพแห่งชาติ (คสช.) บทบาทหน้าที่หลักมีดังนี้
1.รับผิดชอบงานเลขานุการของ คสช. และคบ.
2.ประสานงานกับหน่วยงานด้านนโยบายและยุทธศาสตร์ของรัฐบาลและหน่วยงานอื่น ๆ ทั้งภาครัฐและเอกชนที่ดำเนินงานเกี่ยวกับเรื่องสุขภาพ และดำเนินการเพื่อให้เกิดการทำงานร่วมกันในระดับนโยบายยุทธศาสตร์ และแผนงานด้านสุขภาพ
3.สำรวจ ศึกษา และวิเคราะห์ข้อมูลต่าง ๆ รวมทั้งสถานการณ์ของระบบสุขภาพ เพื่อจัดทำเป็นรายงานหรือเพื่อเป็นประโยชน์ในการดำเนินการตาม พ.ร.บ.สุขภาพแห่งชาติ พ.ศ. 2550
4.ดำเนินการเพื่อให้มีการจัดสมัชชาสุขภาพและสนับสนุนการจัดสมัชชาสุขภาพเฉพาะพื้นที่ และสมัชชาสุขภาพเฉพาะประเด็นให้บรรลุผลตามมติของ คสช.
5. ปฏิบัติหน้าที่อื่น ๆ ตามกฎหมาย หรือตามที่คณะรัฐมนตรีและ คสช. มอบหมาย
ลักษณะของเอกสารของสำนักงานคณะกรรมการสุขภาพแห่งชาติ (สช.) ได้รับมอบตั้งแต่วันที่ 15 พฤษภาคม 2552 ประกอบด้วยเอกสารประเภทกระดาษแผ่น หนังสือ แผ่นพับ รายงานการประชุม รายงานการวิจัย ภาพถ่าย ฟิล์มภาพถ่าย ซีดี วีซีดี วิดีโอ แถบบันทึกเสียง และวัตถุเป็นโล่รางวัล เป็นต้น ระยะเวลาของเอกสาร พ.ศ. 2535-2551 โดยมีเอกสาร จำนวน 86 กล่อง สื่อโสตทัศน์ จำนวน 80 กล่อง และอัลบั้มภาพ จำนวน 22 อัลบั้ม เอกสารที่น่าสนใจ เช่น เอกสารผู้บริหาร แผนงานยกร่าง พ.ร.บ.สุขภาพแห่งชาติ แผนงานผลักดัน พ.ร.บ. และแผนงานสื่อสาธารณะ เป็นต้น